في الآونة الأخيرة، أصبحت الطائرات دون طيار بمثابة مصدر للمتاعب. وفي العام 2016، كانت عمليات اقتحام الطائرات دون طيار للمجال الجوي للمطار، مسؤولةً عن ثلاث حالات إغلاق، استمرت إحداها لمدة تسعين دقيقة.
وقررت هيئة دبي للطيران المدني "DCAA"، بتطبيق نظامٍ يسمّى "Skytrax"، وهو معنيّ بمراقبة طائرات بدون طيار مسجلة محلياً، لمنع عمليات إغلاق المطار. ويعمل نظام "Skytrax" عن طريق تثبيت جهاز تعقب، يزن 58 غراماً، على كل طائرة مرخّصة للطيران في دبي.
ولا يسمح اقتراب الطائرات دون طيار ضمن نطاق 16 ألف و400 قدم أفقياً وثلاثة آلاف قدم عمودياً، من أي حركة طيران تجارية، وفقاً لخان.