يحرص قصر الامارات علي تطبيق أعلى المعايير للحفاظ علي البيئة الطبيعية واستدامة البيئة ضمن خطة عمل واضحة المعالم، وذلك ضمن الجهود التي تبذلها دولة الامارات العربية المتحدة في مجال حماية البيئة والمحافظة على الطبيعة ومكافحة التصحر والتلوث البحري، وتنمية الحياة البرية والبحرية وإقامة المحميات الطبيعية .
ويحرص القصر علي نظافة الشواطئ وحمايتها من التلوث ونتيجة لذلك حصل مرسى المارينا وشاطئ قصر الامارات مؤخرا , على شهادة / العلم الأزرق / الدولية، من قبل جمعية الإمارات للحياة الفطرية و الصندوق العالمي لصون الطبيعة.
وأعرب السيد الكسندر شنايدر مدير فندق قصر الامارات عن اعتقاده بان حصول القصر علي مثل الجائزة يعد اعترافاً بتميزه في حماية البيئة البحرية.
وتعد جائزة "العلم الأزرق" بمثابة تقدير عالمي مرموق تحصل عليه الشواطئ والمراسي التي تتبع معايير صارمة في الإدارة السليمة من ناحية معايير السلامة والبيئة وجودة المياه والمرافق فضلاً عن رفع مستوى التثقيف البيئي.